A spin-off Pokémon jelenség, a Pokémon Mystery Dungeon játéksorozat a negyedik részéhez ért. Mire várhattok? A Pokémon Mystery Dungeon: Gates to Infinity a játékost már negyedik alkalommal vezeti olyan helyzetbe, ahol olyan világba csöppenik, melyet csak Pokémonok laknak. Te is Pokémonként veszel részt a játékban, és választhatsz, hogy vajon Pikachua, Axewa vagy az utolsó generáció startoló Pokémonjainak– Snivy, Tepig vagy Oshawott bőrébe bújsz.
A te feladatod a rejtelmes dungeonokon átharcolni magad, amelyek mindenhol szerte a világon megjelentek. Közben leleplezitek az ördögi tervet, mely veszélyezteti az új otthonodat és az összes Pokémont, akik ott laknak. A dungeonok nagyok és tele vannak veszélyekkel. Ha azt hiszitek, hogy kigondoltok egy stratégiát, ne hagyjátok magatokat megtéveszteni. Ugyanis a dungeonok soha nem egyformák, minden egyes belépéssel a játékba új dungeonok jönnek létre és így csaknem végtelen lehetőség van. Minden egyes dungeonnak megvan a maga egyedülálló képessége és dizájnja. Ez jellemző a Pokémonokra, melyekkel összefuthattok, a szintek számára és magára a környezetre is. Némelyik Pokémon, akiket legyőzöl csatlakozni fog akarni a csapatodhoz.
A fő dungeonokon kívül, mely a játék fő történetével függ össze, megjelennek mások is, melyekbe csak az úgynevezett Magnagateseken keresztül léphetsz be. Ezek portálok, melyek aktiválhatóak azzal, hogy felhasználod a Nintendo 3DS külső kameráit és azoknak segítségével beszkenneled a reális világból a gömbölyű tárgyakat. Például a focilabdát, narancsot vagy a óra számlapját. Az adott Magnagate aktiválásával a játékosok átváltoznak a világosan megadott Pokémonná és az ő formájában léphetnek a portálon keresztül az ismeretlenbe. A dungeon sikeres legyőzésével a játékos tárgyakat és pénzt szerez, amelyek felhasználhatóak a játék fő kalandjában.