Amennyiben már volt szerencséje Nintendo DS konzolon játszani, a Nintendo 3DS irányítása ismerősnek fog tűnni. Az érintőképernyőn, mikrofonon, Control Pad-en kívül a Nintendo 3DS-en további játékélményt fokozó játékirányítási módra van lehetőség.
A Circle Pad a Nintendo 3DS konzol játékvilágának tökéletes háromdimenziós analóg irányítója. A Pilotwings Resort játékprogramban például a Wuhu-sziget felett a repülőgépet a hüvelykujjal is irányíthatja.
A beépített mozgás-és giroszkópikus érzékelő azonnal reagál az ide-oda vagy a le-fel mozgatásra. A Steel Diver játékban a periszkópba nézve egész testünk elfordításával kutathatjuk az óceán mélységeit.
A Nintendo 3DS belső és külső kamerájának nagy hasznát veheti játék közben a saját virtuális világában. Még a játékban lévő kiskutyája is képes lesz felismerni, ha arcát meglátja a konzol kamerája előtt.