Szinte az összes Nintendo DS és Nintendo DSi játékprogram működik a Nintendo 3DS konzolon is 2D-ben. A visszafelé kompatibilitásnak köszönhetően a kedvenc játékait ugyanúgy élvezheti, mint azelőtt.
Amennyiben Nintendo DSiWare játékokat és applikációkat előzőleg a Nintendo DSi vagy DSi XL készülékre töltötte le, gond nélkül átmásolhatja a Nintendo 3DS-re. Ehhez meglévő Nintendo DSi vagy DSi XL konzoljára telepítenie kell a NINTENDO 3DS TRANSFER TOOL-t.
Megjegyzés: a folyamathoz működő internetkapcsolat és a Nintendo DSi eShop szükséges. A problémamentes áttelepítéshez szükséges továbbá a Nintendo DSi vagy DSi XL konzolhoz és a Nintendo 3DS-hez való egyidejű hozzáférés.