Három napon belül a hold a földre zuhan és beteljesül Termina szörnyű sorsa. Képes vagy időben megmenteni? Éld újra a világ utolsó 72 óráját, oldj meg a bonyolult fejtörőket, fedezd fel a rengeteg helyszínt, küzdj meg óriási főellenfelekkel és barátkozz össze Termina elátkozott lakóival, a Nintendo egyik legizgalmasabb apokaliptikus kalandjában.
A The Legend of Zelda: Majora’s Mask 3D az egyik Legend of Zelda kalandhoz sem hasonlítható Nintendo klasszikus újradolgozott, feljavított változata. Ebben a sötét történetben a maszkos Skull Kid, Termina világába csalja Linket, ahol a hold épp becsapódni készül a földbe. Termina szerencséjére Link képes visszaforgatni az időt és újraélni utolsó 72 óráját, megkötések nélkül. Minden alkalommal felölti több, mint 20 maszkjának egyikét, segít a lakóknak, különböző főellenfelekkel küzd meg, majd végérvényesen megváltoztatja a világ sorsát. Ez a komor klasszikus legteljesebb verziója.